Hòa ước Nhâm Tuất (1862) buộc triều đình nhà Nguyễn nhượng 3 tỉnh Nam Kỳ là Biên Hòa, Gia Định, Mỹ Tho cho Pháp. Tiếp sau đó tỉnh Hà Tiên, An Giang, Vĩnh Long cũng bị sáp nhập nốt vào lãnh thổ bảo hộ của Pháp.

• Năm 1870, Pháp cùng Cao Miên điều chỉnh ranh giới tại vùng thượng nguồn giữa hai sông Vàm Cỏ Tây, Vàm Cỏ Đông, vốn thuộc hai hạt Trảng Bàng và Tây Ninh của Nam Kỳ: phần lớn đất đai vùng này là vùng lồi Svay Tieep-Svay Rieng (nay thuộc tỉnh Svay Rieng) giao cho Campuchia, bù lại cắt một phần đất nhỏ dọc bờ tây nam rạch Cái Cậy (thượng lưu của sông Vàm Cỏ Đông) vốn thuộc tỉnh Prey Veng lúc đó giao cho Nam Kỳ (về sau vùng này lại trả về cho Campuchia bởi nghị định của Toàn quyền Đông Dương năm 1914).[13][14]
• Năm 1873, Pháp hoàn thành việc cắt chỉnh địa giới hai hạt Hà Tiên và Châu Đốc của Nam Kỳ, phần đất phía bắc kênh Vĩnh Tế và thị xã Hà Tiên ngày nay giao cho Campuchia.[15][16]
• Năm 1874, Pháp ký với triều đình Huế Hòa ước Giáp Tuất (1874) công nhận sự thống trị của Pháp với toàn Nam Kỳ.
• Năm 1893, hiệp ước Pháp-Xiêm (1893) theo đó nhượng toàn bộ vùng lãnh thổ phía Đông sông Mê Kông cho Pháp, gạt bỏ lực lượng quân sự và những ảnh hưởng của Xiêm tại vùng cao nguyên thượng sông Sêrêpôk. Vùng đất nhượng lại này bao gồm cả tỉnh Stung Treng, năm 1899 địa khu Đăk Lăk được thành lập từ Stung Treng. Năm 1904, Đăk Lăk được sáp nhập vào Việt Nam.
• Năm 1899, phần lớn tỉnh Stung Treng chuyển giao lại cho Campuchia từ Lào. Phần lãnh thổ bên phải sông Đắk Đăm (prek Dak Dam) chuyển về cho Việt Nam.
• Năm 1939, Toàn quyền Pháp Jules Brévié đã thông qua đường Brévié phân chia quản lý hành chính tại vịnh Thái Lan, trong khi vẫn bảo lưu nguyên trạng về chủ quyền lãnh thổ các bên.

Thực dân Pháp thành lập Liên bang Đông Dương bao gồm:

• Lào (Laos)
• Cao Miên (Cambodge)
• Bắc kỳ (Tonkin), từ Ninh Bình trở ra
• Trung kỳ (Annam), từ Thanh Hóa vào tới Bình Thuận
• Nam kỳ (Cochinchine), từ Đồng Nai tới Cà Mau

Người Pháp đã có những tranh chấp với nhà Thanh (Trung Quốc) ở phía bắc về lãnh thổ. Tới năm 1895, từ công ước Pháp-Thanh 1895 đã đưa về phần lớn vùng đất Lai Châu, Điện Biên và một phần Lào Cai ngày nay thuộc về xứ Bắc Kỳ còn một phần đất ở bắc sông Bắc Luân thuộc về nhà Thanh. Sầm Châu (Huaphanh) và Xiêng Khoảng bị cắt cho Lào.

Tại Nam Kỳ theo Thống đốc Marie Jules Dupré ghi nhận năm 1874 cũng bao gồm một số hải đảo trong Vịnh Xiêm La phụ thuộc Hà Tiên mà sau đó Toàn quyền Đông Dương Joseph Jules Brévié ra nghị quyết năm 1939 ấn định lằn ranh Brévié trao cho Cam Bốt quản lý vì lý do địa lý, nhưng không có nghĩa là Nam Kỳ khước bỏ chủ quyền.[17] Những đảo này là:[18]

1. Hòn Dừa (tiếng Pháp: Ile de la Baie),
2. Hòn Năng Trong (Ile du Milieu),
3. Hòn Năng Ngoài (Ile à l'Eau),
4. Hòn Tre Nấm (Archipel des Pirates Nord),
5. Hòn Tai (Ile du Pic),
6. Hòn Kiến Vàng (Ile des Fourmis), và
7. Hòn Keo Ngựa (Ile du Cheval).